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Mycomètre |
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Cette page contient la documentation relatives
aux dernières mises qui n'est pas encore ajoutée au fichier
d'aide.
2017/06/11
Transfert de session
Menu Outils/
Transfert de session
Cette fonction permet
plusieurs applications :
-Transfert d’une
session vers n’importe quelle autre machine
-Création d’un
fichier complet pour sauvegarde ou base de publication
Le principe
A la base Mycomètre
permet de traiter n’importe quelle image stockée n’importe
où dans la machine ou même dans un support externe. La sauvegarde
de la session (automatique ou via le menu Fichier/ sauver la trame) permet de
reprendre la session dans la configuration où on l’a
quittée.
TRANSFERT DE SESSION
Il peut être
intéressant de reprendre une session sur une autre machine.
Nous connaissions ce
problème que nous traitions provisoirement jusqu’à
maintenant au coup par coup en éditant le fichier .Trm afin d’adapter les noms des
répertoires. Cette méthode peut être délicate pour
les non-informaticiens.
Désormais la
méthode de transfert de session opère ainsi :
Choix d’un
répertoire de stockage (sur le disque dur, via le réseau ou sur
une clé USB par exemple). Pour créer un sous répertoire
faire Clic droit + Nouveau dossier.
Mycomètre effectue automatiquement
-
copie des images
utiles dans le répertoire choisi ( les images
sources restent intactes)
-
copie du fichier
de calibrage en cours (au cas où l’on souhaiterait poursuivre les
mesures avec d’autres objectifs : le fichier de calibrage
n’est pas indispensable a priori car les coefficients de calibrage sont
attachés à chaque mesure.
-
copie des
données de mesure, y compris les valeurs de calibrage
-
Copie des divers
coefficients utiles de la trame
Supposons
que vous avez effectué un transfert vers une clé usb.
Vous
pouvez exécuter immédiatement cette trame sur un
autre machine dans laquelle Mycomètre est
installé (la dernière version est conseillée).
Vous
pouvez coller le répertoire de sauvegarde dans la nouvelle machine et
poursuivre vos mesures.
Après
avoir ouvert la trame sauvegardée, si vous faites une sauvegarde de la
trame via fichier/Sauver la trame, celle-ci devient attachée au nouveau
répertoire. Il est toujours possible de refaire un transfert pour
obtenir une session indépendante.
CREATION D’UN FICHIER
D’ARCHIVE
Si
votre étude comporte, outre des images micro, des images macro ou issues
de binoculaire, vous pouvez très facilement les sauvegarder en même
temps que les images mesurées : il suffit de les charger dans Mycomètre (vérifier en pressant le
bouton «images »). Ceci est utile en prévision de
la rédaction d’un article.
Par
ailleurs si vous avez fait des mesures sur différents microscopes ou
binoculaire, on peut créer un fichier de calibrage général
(voir Edition/gestion fichier.cal ») contenant tous les calibrages
utiles, qui sera alors sauvegardé automatiquement sur la clé en
même temps que les images.
Il
est prévu une fonction de gestion d’archive plus complète…
2015/05/27
Camera oculaire et Mycomètre
Depuis la première version (Mycm V1.xx) il est possible d’utiliser une caméra oculaire dans l’environnement de Mycomètre. Bien que déjà utilisée par certains mycologues, aucune aide particulière n’avait été rédigée sur ce sujet jusqu’à maintenant.
Les fonctionnalités des logiciels de gestion de caméras sont assez semblables. La documentation qui suit d’appuie sur l’utilisation des logiciels fournis par ToupTek (caméras ToupCam), elle doit s’adapter facilement à d‘autre marques de caméras.
Ce type de caméra étant maintenant assez répandu, un bouton spécifique a été ajouté pour permettre un accès immédiat et effectuer différentes opérations (cadrage, mise au point etc ...) directement depuis Mycomètre.
Les logiciels distribués :
Touptek Photonics distribue divers logiciels selon l’utilisation envisagée (à télécharger sur le site Touptek)
- Utilisation immédiate dans l’environnement Mycomètre : ToupcamTwain
- Utilisation en temps différé : ToupView.
Binoculaire ou trinoculaire ?
Tout d’abord l’usage d’un microscope trinoculaire n’est pas indispensable. Nous utilisons un microscope trinoculaire et un binoculaire : pour le second la caméra est montée sur un des oculaires. L’oculaire laissé libre sert à faire une mise au point grossière au départ. Le reste du travail se fait uniquement sur l’écran de l’ordinateur.
-
Utilisation
immédiate dans l’environnement Mycomètre
Installer au préalable le pilote Twain fourni
Ouvrir Mycomètre
Faire Fichier/Twain/selection source (attendre un peu éventuellement)
Valider le pilote
choisi (par ex. ToupCam)
Sur l’écran de Mycomètre, cliquer sur le bouton d’appel de la caméra (dans les versions précédentes il fallait faire Fichier/Twain/Acquisition)
Une fenêtre s’ouvre qui permet toutes les opérations de mise au point et de cadrage directement sur l’écran de l’ordinateur, sans avoir à vérifier dans l’oculaire.
Effectuer les opérations de mise au point et cadrage.
Presser le bouton « Capturer » (ou « Snap» si version anglaise)
L’image est chargée automatiquement dans la fenêtre de travail de Mycomètre. La fenêtre de mesure se ferme et Mycomètre est prêt pour la mesure.
Choix de la résolution : selon le type de liaison USB et la vitesse de voter PC, il faudra peut être choisir une résolution différente pour la mise au point (option « direct ») et pour la numérisation finale (option Capturer »). En principe on choisit une résolution maximum pour la capture.
Si on souhaite conserver l’image sans perte de qualité (c'est-à-dire avec la résolution choisie pour la caméra), faire, dans Mycomètre : « Fichier/enregistrer l’image en cours ».
L’image reste dans le chargeur d’image, et donc la sauvegarde de l’image peut se faire ultérieurement si le chargeur n’a pas été vidé et qu’aucune autre image Twain n’a été chargée.
Etalonnage ….
L’étalonnage dépend de la résolution de l’image. Il est conseillé de faire toutes les acquisitions en résolution maximale.
Capturer une image d’une lame de référence, la charger et l’étalonner dans Mycomètre (puisque les mesures se feront avec Mycomètre qui est le mieux adapté pour les mesures et leur gestion par le mycologue).
Il est conseillé de toujours effectuer les captures avec la même résolution.
Les options (settings)
diverses options sont disponibles
-réglage de l’exposition et de la couleur (attention, le réglage de la couleur de l’écran ne peut se faire valablement qu’à l’aide d’un dispositif de mesure externe).
Balance des blancs
Faire : « Settings / ROI / »
Marquer et positionner la zone de référence
Faire « Couleur / one push »
Il peut être utile d’enregistrer la balance des blancs : par exemple faire une vue sur un fond blanc, mémoriser la balance des blancs (qui prend donc en compte la couleur de la lampe du microscope).
Pour enregistrer les valeurs de la balance faire
« Settings /paramètres/enregister »
Entrer un nom de référence (par ex BLC_Zeiss_) et sauver
Pour récupérer cette valeur :
« Settings /paramètres/ Ouvrir»
-ROI (region of interet) : charger seulement un partie de l’image. Ceci ne change rien quant au calibrage qui reste le même que pour une image entière.
L’intérêt est seulement d’avoir une moindre utilisation de la mémoire de stockage.
-
Utilisation en temps différé ou immédiat
Le logiciel général ToupView est conçu a priori pour un fonctionnement indépendant. Il peut aussi être utilisé parallèlement avec Mycomètre sans avoir à faire de sauvegarde d’image..
Cliquer sur le nom de la caméra pour activer l’affichage de l’image (menu « caméra détectée »)
Etalonnage : l’étalonnage de Mycomètre reste le même pour tous les chargements d’image ( y compris pour les extraits d’image importés de ToupView).
Balance des blancs
La balance des blancs s’effectue sur l’image de la caméra : on encadre la zone de référence puis on valide.
Capture et importation de l’image active dans Mycomètre
- Image entière
Dans Toupview, faire CTRL A CTRL C puis cliquer sur l’icône « microscope » de Mycomètre.
A priori l’image importée est n’est pas sauvée. Faire « fichier/ sauver l’image en cours » pour la sauver dans le résolution maximale ( pour information, Mycomètre ne travaille JAMAIS sur l’image affichée à l’écran, mais sur l’image complète, stockée en mémoire dans sa résolution maximale. L’image écran ne sert que de repère pour naviguer dans l’image mémorisée).
- Portion d’image
Marquer la portion d’image intéressante ( bouton de cadrage ROI, en haut, à coté de la poignée de déplacement)
Faire CTRL C ou menu : Edition/copier
Dans Mycomètre cliquer sur l’icône Microscope
Dans tous les cas l’étalonnage de Mycomètre reste le même.
Capture temporaire
Presser F8 : l’image est disponible dans ToupView, mais non encore eregistrée.
.
Capture de séquences d’images
Il est intéressant de disposer de séquences d’images autour d’un élément examiné.
En particulier, en mycologie, on souhaite disposer d’un ensemble d’images décalées en profondeur afin d’examiner toutes les images de coupes intéressantes.
Après chargement dans Mycomètre (Fichier /chargeur/Ajouter), on pourra traiter cet ensemble d’images en mode MC.
Le mode MC (Multi Couches) nous a été inspiré par Pierre Arthur Moreau qui souhaitait pouvoir examiner les éléments par balayage en profondeur comme on le fait directement au microscope.
On travaille alors aisément avec une bonne précision sur chaque couche comme on le fait en Tomographie.
(voir la documentation générale sur le Mode MC)
En plus de l’utilisation en mode MC avec Mycomètre, l’ensemble des images enregistrées sont utilisable dans Toupview afin d’améliorer la qualité ou la profondeur de champ (mode PCE)
On peut faire la capture de manière manuelle ou automatique
- Mode manuel :
On peut effectuer un Enregistrement rapide.
Tout d’abord, dans ToupView, Options/Préférences/Rapide enregistrer ;
choisir le répertoire de stockage, le préfixe et le format (date-heure ou incrémenté)
Pour enregistrer, cliquer sur l’icône « éclair » (3ème à gauche) ou Faire CTRL Q
Le nom des images stockées s’incrémentent automatiquement.
Décaler la mise au point dans la position où l’objectif est au plus près de la préparation.
Après chaque capture, redescendre l’objectif d’une petite distance.
NB : pour faciliter cette opération, nous avons équipé nos microscopes d’un levier qui permettent très facilement des déplacements de l’ordre du micron.
-Mode automatique :
Faire « Capturer/début du Time lapse).
Choisir un répertoire de sauvegarde des images, un préfixe, un délai (minimum 2 secondes) et le nombre d’images.
OK pour démarrer l’enregistrement
.
Outre son utilisation avec Mycomètre, le mode automatique permet, paar exemple, de suivre l’évolution d’un phénomène, d’une division cellulaires, etc …
Transfert immédiat vers Mycomètre
Dans ToupView, faire Ctrl C
Dans Mycomètre presset le bouton d’insertion du presse papier (petit midroscope sous le bouton d’appel caméra)
Transfert d’une partie de l’image
Opérer comme ci-dessus après avoir sélectionné la partie de l’image intéressante (Presser le menu de cadrage _ROI_ en haut à côté de la poignée de déplacement)
Etalonnage : l’étalonnage est inchangé
Charger l’image en
cours dans Mycomètre
Dans Toupview CrtlA/ CtrlC puis dans Mycomètre cliquer sur l’icône d’insertion
Ou sélectionner une zone (ROI), CtrlC puis dans Mycomètre cliquer sur l’icône d’insertion
Etalonnage de ToupView
Ne présente que peu
d’intérêt compte tenu de l’usage de Mycomètre mieux adapté aux exigences du
mycologue.
Quelques unes des autres possibilités de Toupview
utiles en mycologie
Outre les options de réglage classiques (voir ci-dessus), on retiendra les possibilités complémentaires (qui avaient été prévues pour Mycomètre, mais qui ne seront pas développées, puisque disponibles par ailleurs)
Filtre PCE
(Menu, 2ème icône à droite)
PCE (Profondeur de Champ Etendu ): amélioration de la profondeur de champ
3 modes possibilité de corriger le décalage, l’échelle et la rotation
Résultats semblables à Combinez
On dispose de 3 algorithmes de calcul : Contraste maximum, Moyenne pondérée, FFDSSD.
Chaque algorithme est décrit dans la fenêtre d’appel. Certains sont paramétrables.
Plage dynamique
élevée
(Menu, 1ère icône à droite)
C’est le HDR des APN. Permet d’améliorer la courbe du gamma de l’image à partir de plusieurs images. Le procédé retourne des images plus « douces » améliorant les zones de luminosités moyennes. Le résultat rappelle ce que l’on obtenait en argentique.
Ceux qui ont pratiqué de développement chimique de l’argentique devraient apprécier le procédé.
Pour plus de précisions on pourra lire l’excellent ouvrage (LE Glakfides, la bible du photographe) :
« Chimie et Physique photographiques, Pierre Glakfidès, édition Paul Montel 1976 »
Planches d’images
Incrustation de texte, images, dimensions etc … dans l’image
Mozaique assembler des images voisines …
(Menu, 3ème icône à droite)
Fluorochromes
Non testé
-------------------------------------------
Bonjour,
Cette mise à jour n'est pas urgente :
lors d'une précédente mise à jour, une fonction non
essentielle "de confort" avait disparu...
Lorsque l'on effectue une mesure en 3D il y a 2 manières d'entrer
les données :
-soit clic droit pour choisir Largeur ou épaisseur (pas de
problème pour cette méthode)
-soit de tenir pressée la touche "E" pour effectuer les
mesures d'épaisseur (c'est cette fonction qui avait disparu)
Pour repérer largeur et épaisseur, il suffit d'observer la
position de l'apicule. Il ne faut pas considérer a priori les pores
comme volumes de révolution (mesure 2D) !
..............
Par ailleurs, une question m'a été posée en
privé au sujet du paramètre Qm.
Il s'agit de la moyenne des rapports Q=L/l , qui n'a
rien à voir, évidemment, avec le rapport des moyennes (ce n'est
pas une fonction linéaire !).
De plus, si la valeur Qm est souvent proposée,
ce n'est pas, et de loin, la meilleure valeur à proposer.
Faute d'avoir vérifié au préalable la nature de la
distribution de l'échantillon (qui le fait ?) ,
proposer une valeur moyenne comme modèle relève du n'importe quoi
!
Parmi les autres paramètres, vous disposez aussi et surtout :
de la médiane (D5)
de la dominante.
Pour ma part je considère que la dominante est la donnée la
mieux représentative (valeur la plus souvent rencontrée)
Pour connaitre ces différentes valeurs il suffit de faire
-Mycostats/diagramme
-faire défiler les différentes colonnes de mesure
La dominante est les coefficient "PDM" (point de densité
maximale): c'est en fait la dominante (simplement parce que l'algorithme de
calcul est différent des méthodes habituelles : mon algorithme
est de loin bien meilleur en précision, et fonctionne même sur les
petits échantillons).
En mode spores2D, la colonne de Q est la 3ème
en mode 3D c'est la 5éme colonne
et de plus vous obtenez en colonne 6 les données du rapport L (=L/e) qui
est aussi important que le rapport Q.
……………
Bonsoir,
Il m'a été demandé la procédure nécessaire
pour étalonner un extrait d'image ...
La réponse est simple : il n'y a rien à faire !
Exemple : vous disposez d'une image effectuée au X60 .
- Extrayez une partie de cette image (par ex avec "crop"
sous Irfanview)
- Charger l'extrait dans Mycomètre
Il suffit de prendre le calibrage X60 comme vous l'auriez fait avec l'image
entière.
Sauf si vous changez la résolution, tous les extraits d'une image
utilisent automatiquement le même calibrage que l'image entière.
Autre exemple
Chargez une image et charger l'étalonnage correspondant
- Effectuez un référencement sur l'image d'origine
C'est très simple : Ouvrir "outil/illustrer image source"
(selon la taille de l'image il faudra peut être adapter la largeur du trait
et la taille de la police) , placer le point
d'insertion et renseigner la longueur du segment de référence
souhaité. Terminer en pressant "enregistrer".
Sur une copie de l'image d'origine la référence est tracée
sans aucune perte de qualité, le nom du fichier étant le
même, auquel est ajouté le suffixe Ref.
Maintenant faites un extrait de cette image référencée.
Vous pouvez vérifier que la longueur de la référence est
correcte.
……….
Le message précédent sur l'étalonnage a amené une
autre question :
que faire si on change d'écran ou de machine ?
C'est très simple :
l'étalonnage ( donc le fichier .CAL ) ne dépend QUE
de la résolution de la caméra. Il ne dépend ni de la
machine, ni de l'écran, ni du re-découpage
de l'image.
en résumé Re-étalonnage
:
Je change la résolution de la prise de vue :
OUI
Je découpe une
sous-image NON
Je change
d'écran
NON
Je change la résolution de
l'écran NON
Je change de
machine
NON
On ne doit re-étalonner que si on change la
résolution de la caméra.
Si on change de machine, il suffit de recopier le fichier ".CAL" dans
le répertoire d'installation de Mycm.exe
(par défaut " C:\GF_Log"\Mycometre 2 )
(il est aussi possible d'appliquer un coefficient de correction selon la
variation de la résolution -option disponible dans la fenêtre de
calibrage- puis sauver les résultat, mais les non mathématiciens
préférerons la méthode précédente)
2014/09/20
Gestion
des fichiers de calibrage
Dans
les versions jusqu’à 2.05 le fichier unique Mycm.cal contenait
toutes les données de calibrage.
La
version 2.06 a été améliorée pour les utilisateurs
de plusieurs appareils d’observation ou plusieurs cameras numériques.
Dans
le menu Edition, sous Etalonnage-résolution un nouveau
menu « choix fichier .cal » a été ajouté
Par
défaut le fichier Mycm.cal est créé lors de la
première sauvegarde de calibrage (rien ne change pour les anciens utilisateurs).
Le
nouveau menu permet La
création, la suppression, le renommage , l’édition de divers fichiers de calibrage.
Ainsi
on pourra créer par exemple des fichiers Leitz.cal, Zeiss.cal, Bino.cal , Cam1.cal, APN1 ,etc …sachant qu’en
général on ne fait les mesures que sur un seul appareil en
même temps.
Pour
les nostalgiques, rien n’empêche de travailler encore avec un seul
fichier .Cal. ou de regrouper les calibrages d’origines
différentes.
Les
données de votre ancien fichier de calibrage peuvent être
ventilées (par coupé-collé) sur les nouveaux fichiers créés
(faites une sauvegarde préalable par précaution !).
La
fenêtre de gestion des fichiers de calibrage est aussi accessible depuis
la fenêtre ‘Etalonnagerésolution’
Sauvegarde
du fichier d’étalonnage :
Les
fichiers d’étalonnage sont stockés dans le
répertoire de l’application (répertoire de Mycm.exe).
Le
nom du fichier d’étalonnage en cours est affiché dans la
fenêtre « options » et est sauvé éventuellement avec les
paramètres.
Le
nom du fichier d’étalonnage en cours est également
enregistré avec la trame en cours, donc rechargé automatiquement avec cette trame.
NB :
-Vous
pouvez ignorer totalement ces ajouts (fonctionnement comme sur les versions
précédentes).
-L’option
‘calibrage sur une portion d’image’ a été
jugée inutile et a été supprimée.
-Sur Win7 et suivants, si Mycomètre est installé dans le répertoire par défaut, les fichiers .cal, .dat du répertoire ‘ programmes X86’ ne sont éditable que par les fonctions de Mycomètre. Pas de problème si Mycomètre est installé par exemple sur le second disque D. L’éditeur de Mycomètre est compatible avec les éditeurs courants ( couper-coller etc …).
………….
Menu PLUS…
Spore
optimale
Le but est de trouver dans la suite des spores mesurées la spore la mieux représentative de l’échantillon.
On
prend comme référence, au choix : la moyenne, la médiane
ou la dominante (conseillé)
Sur
la version actuelle les calculs prennent en compte les mesures de longueur et
largeur.
Pour
chacun des 3 paramètres ci-dessus, il y a 3 possibilités
-Premier
choix : il recherché la spore dont l’écart quadratique
moyen par rapport au paramètre est
minimal.
-Pour
les choix 2 et 3, le calcul ci-dessus est pondéré en tenant
compte des distributions statistiques des
données des 2 mesures (L et l).
Par
ailleurs, pour la Longueur et la Largeur seules, on cherche la spore dont la
mesure est la plus proche de la
dominante (c'est-à-dire la plus proche de la spore la plus
fréquemment trouvée)
Dans
la grille, la ligne correspondant à la spore trouvée est
précédée alors d’un onglet bleu. Il suffit alors de pointer cette ligne et presser ‘chercher’
: la spore (repérée par son numéro) s’affiche au
centre de la fenêtre.
Ajuster
la fenêtre soit par le bouton de zoom, soit avec la souris (rappel :
tenir pressés sur le clavier Maj et Z puis pointer avec la souris,
à gauche pour agrandir, à droite pour dilminuer
…)
MAJ
Spore optimale :
Permet
de re-activer le calcul ( le
calcul étant ‘relativement long’, il n’est pas
effectué en continu)
Archives
stats
Un calendrier a été ajouté pour une mise à jour plus facile de la date. Par défaut, c’est la date de travail qui est insérée
Utilisation
d’une camera « en direct »
Cette
possibilité existe depuis bien longtemps, mais n’a jamais
été documentée.
Il
est souvent utile de pouvoir faire quelques mesure en extemporané, sans
avoir à sauver l’image a
priori.
Il n’est
pas envisagé de dédier Mycomètre
à une marque quelconque de caméra, compte tenu de la diversité des marques, des
pilotes et aussi des futures évolutions. De plus les logiciels
dédiés disposent déjà
de nombreuses possibilités de réglage qu’il serait inutile
de reproduire à l’identique.
Le
passage par l’enregistrement Twain est toujours possible, cela se fait en
2 clics :
Après
avoir lancer le logiciel de gestion de la
caméra et fait les mises au point :
-
faire une capture dans le presse papier (en principe tous les
logiciels de gestion de caméra disposent de cette fonction)
-dans
Mycomètre, faites ‘fichier/ charger
image presse papier’.
Il est toujours temps, si vous le souhaitez, de sauver l’image capturée, c’est exactement la même que celle que vous auriez sauvé au départ (faire alors ‘fichier/ enregistrer image en cours’)
………..
2009/07/07
fonctions comptage et densité
Comptage : Clic gauche pour compter, clic droit pour valider
Comptage simple.
Exemple : nombre de lames à l'insersion , angles externes des entolomes.
Comptage double .
En particulier : comptage des bosses de inocybe
On comptera d'abord les bosses externes (A : couleur 1), puis les bosses intérieures ( B : couleur 2).
Mycomètre retourne les deux valeurs A et B ainsi que A+2B (nombre total théorique)
NB :
- lors d'un "retraçage", seul le premier point marqué est re-affiché et numéroté afin de ne pas encombrer la figure.
- les opérations ur la grille sont opérationnelles ( effacement, recherche de spore, etc ..)
Densité :
2 opérations : délimition d'une zone et comptage manuel des éléments dans cette zone.
Option de la forme de la zone :
- elliptique (cercle compris)
-
rectangulaire
Mycomètre retourne la surface de la zone, le nombre de points et le nombre de points par unité de surface.
Application : densité des pores des polypores
NB :
- penser à étalonner l'image au préalable !
- lors d'un "retraçage", seul un point est numéroté et re-affiché afin de ne pas encombrer la figure.
- les opérations sur la grille sont opérationnelles ( effacement, recherche de spore, etc ..)
En prévision :
Mesures
diverses sur lamelles ( fonctions utilisée
depuis 6 ans sur une version 1.05 personnelle).
Mesure
automatique de la surface moyenne et du diamètre moyen des pores.
Nb. Actuellement on n'obtient que le nombre de pores par unité. On dipsposera alors de 2 paramètres pour les pores : la densité et le diamètre moyen (diamètre équivalent si pores non ronds) .
... Et la mesure de la couleur. Ce qui existe déjà sur la version 1.05 sera notablement amélioré (compatibilité des scanners pour tous les mycologues par un étalonnage universel).
funzioni calcolo e densità
Calcolo :
Clic sinistro per intendere, clic diritto per convalidare
Calcolo semplice.
Esempio: numero di lame alla insersion, angoli esterni degli entolomes.
Calcolo doppio.
In particolare : calcolo delle gobbe di inocybe
Si conteranno inizialmente le gobbe esterne (A: colore 1), quindi le gobbe interne (B: colore 2).
Mycomètre torna i due valori A e B come pure A+2B (numero
totale teorico)
NB: -
in occasione
di un "retraçage", solo il
primo punto segnato re-
è pubblicato e numerato
per non encombrer la figura.
-
le operazioni
ur la griglia è operativa (cancellazione, ricerca di spora,
ecc...)
Densità:
2 operazioni: délimition di una zona
e calcolo manuale degli elementi in questa zona.
Opzione della forma della zona:
- ellittico (cerchio compreso)
- rettangolare
Mycomètre torna la superficie della zona, il numero di punti ed il numero di punti per unità di superficie.
Applicazione: densità dei pori dei polypores
NB :- pensare di calibrare l'immagine prima di tutto!
- in occasione di un "retraçage", solo un punto è numerato e re- pubblicato per non encombrer la figura.
-
le operazioni
sulla griglia sono operative (cancellazione, ricerca di spora,
ecc...)
In previsione :
Misure diverse su piatti (funzioni utilizzata da 6 anni su
una versione 1.05 personale).
Misura automatica della superficie
media e del diametro medio dei pori.
Nb. Attualmente
si ottiene soltanto il numero di pori per unità. Dipsposera allora di 2 parametri per i pori: la densità ed il diametro medio (diametro equivalente se pori non rotondi).
... E la misura del colore. Ciò che esiste già sulla versione 1.05 sarà in particolare migliorata (compatibilità degli scanner per tutti i mycologues con una taratura universale).
funciones recuento y densidad
Recuento : Chasquido izquierdo
para pensar, chasquido derecho para validar
Recuento simple.
Ejemplo: muchas cuchillas al insersion, ángulos externos de los entolomes.
Recuento doble.
En particular : recuento de las abolladuras de ino
Se contarán de acceso las abolladuras externas (A: color 1), luego las abolladuras interiores (B: color 2).
Mycomètre devuelve los dos valores A y B así que A+2B (número total teórico)
NB: - en un "retraçage", solamente el primer punto señalado rees indicado y numerado con el fin de no entorpecer la figura.
- las operaciones ur la rejilla son operativa (borrado, búsqueda de espora, etc..)
Densidad:
2 operaciones: délimition de una zona y recuento manual de los elementos en esta zona.
Opción de la forma de la zona:
- elíptico (círculo incluido)
- rectangular
Mycomètre devuelve la superficie de la zona, el número de puntos y el número de puntos por unidad de superficie.
Aplicación: densidad de los poros de los polypores
NB : - ¡pensar por calibrar la imagen de antemano!
- en un "retraçage", solamente un punto es numerado y reindicado con el fin de no entorpecer la figura.
- las operaciones sobre la rejilla son operativas (borrado, búsqueda de espora, etc..)
En previsión :
Distintas medidas
sobre placas (funciones utilizada desde hace 6 años sobre una versión 1.05 personal).
Medida automática
de la superficie media y el diámetro medio de
los poros.
Nb. actualmente
se obtiene el número
de poros por unidad. Dipsposera entonces de 2 parámetros
para los poros: la densidad
y el diámetro medio (diámetro
equivalente si poros no redondos) .
... Y la medida del color. Que ya existe sobre la versión 1.05 se mejorará notablemente (compatibilidad de los escáneres para todos los mycologues por una calibración universal).
functions counting
and density
Counting : Left click to count, right
click to validate
Simple counting.
Example: a
number of blades to the insersion, external angles of
the entolomes.
Double counting.
In particular : counting of the bumps of inocybe
One will
count initially the external bumps (a: color 1), then
interior bumps (b: color 2).
Mycometer
turns over the two values A and B like A+2B (a theoretical total number)
NB: - at the time of a "retraçage", only the first marked point Re-is
posted and numbered in order not to encumber the figure.
-
the operations ur
the grid are operational (obliteration, search for spore, etc.)
Density:
2
operations: délimition of a zone and manual
counting of the elements in this zone.
Option of
the form of the zone:
-
elliptic (circle included/understood)
-
rectangular
Mycometer
turns over the surface of the zone, the number of points and the
number of points per unit of area.
Application:
density of the pores of the polypores
NB :-
to think of calibrating
the image as a preliminary!
-
at the time of a "retraçage", only a point is numbered and
Re-posted in order not to encumber the figure.
-
the operations on the grid are
operational (obliteration, search for spore, etc.)
In forecast :
Various
measurements on plates (functions used since 6 years on a personal version
1.05).
Automatic measurement of average surface and the average diameter of the
pores.
Nb.
Currently one obtains only the number of pores per unit. One will dipsposera then of 2 parameters for the pores: density and
the average diameter (diameter are equivalent if nonround
pores) .
... And color
measures it. What already exists on the version 1.05 will be notably improved
(compatibility of the scanners for all the mycologists by a universal
calibration).
Funktionen Zählung
und Dichte
Zählung :
Linkes Klicken, um zu zählen, gerades Klicken, um für
rechtsgültig zu erklären
Einfache
Zählung.
Beispiel: Anzahl
der Klingen am insersion, externen Winkeln der entolomes.
Doppelte
Zählung.
Insbesondere :
Zählung der Beulen von inocybe
Man wird von
Zugang die externen Beulen zählen (A: Farbe 1), dann die inneren Beulen
(B: Farbe 2).
Mycomètre
dreht die zwei Werte A und B um, so wie, A+2B (theoretische Gesamtzahl)
NB: -
bei einem "retraçage" allein wird der erste markierte
Punkt Re- angeschlagen und wird numeriert, um die
Darstellung nicht zu überfüllen.
-
die Operationen ur sind das
Gitter operationell (Löschung, arget0_0_forschung, usw...)
Dichte:
2 Operationen: délimition
einer Zone und manuelle Zählung der Elemente in dieser Zone.
Option der Art
der Zone:
-
elliptisch (umfaßter
Kreis)
-
rechteckig
Mycomètre
schickt die Oberfläche der Zone, die Anzahl der Punkte und
die Anzahl der Punkte durch Einheit der Oberfläche zurück.
Anwendung:
Dichte der Poren der polypores
NB : -
zu denken, das Bild zuerst zu
eichen!
-
bei einem "retraçage" allein wird ein Punkt numeriert und wird Re- angeschlagen, um die Darstellung
nicht zu überfüllen.
-
die Operationen auf dem
Gitter sind operationell (Löschung, arget1_0_forschung, usw...)
in
Prognose :
Unterschiedliche
Maßnahmen über Lamellen (Funktionen benutzt seit 6 Jahren auf einer
persönlichen Version 1.05).
Automatische
Maßnahme der durchschnittlichen Oberfläche und des
durchschnittlichen Durchmessers der Poren.
Nb.
momentan erhält man nur die Anzahl der Poren durch Einheit. Man dipsposera dann von 2 Parametern für die Poren: die
Dichte und der durchschnittliche Durchmesser (entsprechender Durchmesser, wenn
nicht runde Poren) .
...
Und die Maßnahme der Farbe. Was bereits auf Version 1.05 besteht, wird
wesentlich verbessert (Vereinbarkeit der Scanner für alle mycologues durch eine universelle Eichung).
2009-04-21
Fenêtre calibrage :
Ajout d'un bouton "éditer le fichier de calibrage" sous liste
des calibrages disponibles.
Permet de corriger facilement letexte associé
aux coefficients mémorisés ou d'effacer les lignes de
coefficients inutiles.
Attention :
- ne pas modifier la partie numérique de chaque ligne(
après le signe "=")
- il est possible d'insérer des commentaires (toute ligne ne comportant
pas le signe"=" )
- penser éventuellement à sauvegarder le fichier
"mycm.cal" sous un autre nom ( sauver sous dans la fenêtre
d'édition) avant d'effectuer des modifications.
Correction calibrage
Ouvrir la fenêtre de dialogue via le bouton "correction
calibrage" et entrer le coefficient souhaité.
La nouvelle valeur peut être sauvegardée comme un calibrage habituel.
Mycostats :
Une option "Ignorer les "0" a été ajouté dans
la fenêtre de calcule des valeurs dominantes ( PDMS) ( validée par défaut).
Simplifie le calcul des PDM pour la fonction 3D ( le PDM est
calculé automatiquement lors de l'incrément du numéro de
colonne , comme pour les autres fonctions)
Mesure 3D
Il est rappelé l'importance de la mesure 3D, même si ces
données ne sont pas souvent fournies dans les descriptions. Ces mesures sont très simples
à faire avec Mycomètre.
Il est facile de repérer la position de la spore. Par exemple pour ces
deux spores de Panaolus sphinctrinus il
est facile de repérer celle qui est vue de face et celle qui est de profil .
La première mesure s'effectue sur la plus grande dimension (clic
gauche). La seconde mesure pointe soit la largeur ( clic gauche) , soit l'épaisseur ( clic
droit puis "épaisseur").
Pour plus de rapidité, il suffit simplement de presser la touche
"E" avant de valider le
second pointage.
Si on ne mesure que des épaisseurs, on peut le tenir appuyé en
permanence.
Le mode "palmer" est
fortement conseillé.
___________
Import de données extraites d’un tableur
Pré-requis :
On dispose d’une table de données de mesure (cf
xls ) par ex
|
|
22,63 |
19,86 |
23,71 |
20,63 |
22,53 |
22 |
21,9 |
7,15 |
|
10,76 |
10,11 |
10,56 |
11,57 |
10,27 |
9,95 |
10,35 |
9,23 |
4,14 |
a) On souhaite traiter avec Mycostats ces
mesures présentées en lignes.
Ouvrir Mycostats
Dans le tableur copier les lignes de mesures souhaitées ( de 1 à
6 lignes de 255 mesures maximum)
Dans Mycostats, presser le bouton «table =>
grille ».
Les mesures peuvent alors être traitées avec Mycostats.
NB : Si les mesures du tableur sont présentées en
colonne
Dans le tableur :
Marquer et copier les données à importer
Ouvrir un nouveau document
Faire « Edition/collage spécial » et cocher
« transposé »
b) Poursuite possible de la mesure de l’ensemble importé
(‘experts seulement ‘)
Dans le menu principal de Mycomètre, choisir
une fonction qui demande le même nombre de mesures que les mesures
importées :
1 : segment
2 : spores 2D
3 : cystides 3
4 : cystides 4
5 : cystides 5
Ouvrir Mycostats et importer les lignes de mesures
désirées (voir ci-dessus)
Fermer la fenêtre Mycostats
On peut alors charger des images et poursuivre les mesures. Les calculs
statistiques prendront en compte les anciennes mesures et les mesures
ajoutées. L’export de trame est possible, mais ne sera pas correct
(des informations relatives aux valeurs importées sont manquantes)
__________________________________
nov 09
Comment corriger le calibrage : rappel
Supposons qu'un groupe d’images comporte des images mal
calibrées ( par ex. changement d’objectif)
Pour corriger une erreur de calibrage
a/- charger une image comportant une mire et étalonner cette
image
b/ - mettre dans un groupe MC toutes les images devant avoir le même
calibrage
faire « outil / calibr => groupeMC »
faire « outil / Maj grille »
vérifier la cohérence des grandeurs et sauver la nouvelle trame
c/ Si on ne dispose pas d’image comportant une mire **
Charger une
image que l’on sait correctement calibrée
Presser
« Etalonnage »
Tracer un
long segment quelconque sur l’image : une longueur est proposée.
Valider
simplement cette longueur
Continuer en b/
** Il est conseillé d’effectuer une prise de vue d’une mire
objet pour chaque objectif et de conserver séparément ces images
pour un re-calibrage éventuel.
__________________
Extraction de sous ensembles de données
Introduction :
La
procédure d’extraction de données était
prévue dans le cahier des charges. L'examen du diagramme a montré
qu’un ensemble de mesures de sporée
d’alpova (effectuées par Pierre Arthur
Moreau) comportait manifestement des spores de nature différentes. La
fonction décrite ci-dessous a donc été implantée en
priorité.
___________
Exemple pratique :
Diagramme des longueurs de spores d’Alpova
sylvestris
S’il
est élémentaire, grâce à la fonction de recherche
des PDMS de séparer ces blocs pour chaque variable prise
séparément, les étudier une à une, il serait
faux d’en déduire que la population globale se sépare de la
même façon.
A
l’inverse, une population dont le nuage de points ‘L x
l’ ne montre aucun « point
d’accumulation », mais au contraire des points répartis
doit faire penser à un mélange de plusieurs populations.
Visionnons le couple longueur/largeur en mode Nuage de points :
Dans cet exemple pratique deux blocs apparaissent nettement
séparés
Le
problème est alors le suivant : récupérer les lignes
de mesures correspondant à chacun des deux blocs
séparément, pouvoir représenter et marquer les spores
correspondantes sur les images de travail et effectuer les calculs statistiques
utiles sur chaque bloc séparément. Bien évidemment, compte
tenu du nombre important de mesures (120 ici) il est difficile de trier les
lignes « à la main »
La procédure d’extraction :
Depuis la page d’accueil de Mycomètre :
Ouvrir Mycostats, et choisir ‘Nuage de
Points’.
1/ Presser « extraire » .
Par défaut la zone d’extraction est circulaire. ( on
verra plus loin l’usage du choix « rectangle », le
choix « ellipse » sera disponible très
bientôt)
2/ Placer le curseur au centre approximatif de la zone de points à
extraire puis Cliquer à Gauche
Déplacer la souris pour encercler les points souhaités.
En cas d’erreur, cliquer à gauche sur un autre centre.
3/ Valider le choix par un Clic Droit : les points choisis
s’affichent en rouge.
(nb : il peut arriver que, pour des raison d’arrondi de
calcul, des points voisins du bord du tracé ne soit pas pris en
compte)
La liste des lignes de mesure correspondantes s’affiche en
bas de la fenêtre
4/ on peut dès maintenant sauver la trame des données
extraites :
Dans la
barre d’outils, faire ‘ outils / sauver la trame
extraite ‘
Un menu
s’ouvre qui vous donne le choix du nom de fichier à exporter.
Par défaut, il est proposé le nom du fichier trame ou de
l’image en cours auquel est ajouté le suffixe
« _EX »
5/ vérification des données extraites
Dans la barre d’outils de Mycostats, choisir « Diagramme »
On peut alors choisir de et visualiser le diagramme et visualiser les données statistiques soit de la population entière, soit de l’extrait (cocher « Extrait » ou « Mesures »)
La première colonne est affichée. On peut évidemment afficher les résultats pour chacune des colonnes du sous-ensemble (curseur).
La zone de résultat (Editable et copiable dans le presse papier) donne tous les résultats statistiques pour les données sélectionnées (voir documentation générale de Mycostats pour plus de détails).
La liste des lignes extraites reste valide tant que l’on reste dans l’environnement Mycomètre. On peut donc revenir à l’affichage des données du sous-ensemble à fin de comparaison.
Dans cet exemple, nous
avons effectué le choix du sous-ensemble extrait à partir du
couple « longueur- largeur »
Il
Il peut être intéressant d’effectuer ce choix à
par tir d’un autre couple de données. Il suffit de les choisir
dans le menu d’affectation de la fenêtre « Nuages de
Points », par exemple selon le couple L-Q, qui donne la figure ci
contre.
Les autres couples de listes de mesures (L-Q, L-V etc
..) se séparent également en deux blocs.
6/ Visualisation du sous-ensemble extrait séparément
La trame
extraite ayant été sauvée, il suffit de la recharger
à partir du menu fichier de Mycomètre
pour afficher les images et la grille correspondantes aux seules spores du
sous-ensemble extrait (On peut aussi ouvrir une session parallèle de Mycomètre).
On peut alors s’attendre, dans ce cas, à trouver
éventuellement une population dont la distribution statistique
s’approche d’une loi Normale, ce qui n’est absolument pas le
cas de la population complète.
Bien évidemment, il est possible de poursuivre les mesures ou une
nouvelle extraction à partir de cette nouvelle trame.
7/ autres possibilités
a/ Marquage des numéros de lignes :
Cocher l’option « marquer num
ligne » : chaque spore du nuage de points est
repérée par son numéro de ligne correspondant dans
la grille.
Dans le cas d’une extraction, cocher l’option avant
d’opérer le choix du sous-ensemble.
b/ Exportation des données extraites au format CSV
dans le menu « outils » de Mycostats,
choisir « export CSV extrait ».
Le fichier CSV ainsi exporté peut à son tour être
importé dans la grille à fin de traitement statistique
(voir « import de données de Mycomètre
sauvées au format CSV »
c/ Extraction par zone rectangle
Comme pour
le cercle, pointer d’abord le centre de la zone. La zone rectangle permet
d’extraire et sauver toutes les lignes dont une des
coordonnée choisies se trouve entre 2 bornes. L’utilisateur
dispose ainsi de divers outils pour effectuer un tri dans ses résultats
NB : diverses améliorations sont prévues, dont la
recherche automatique, dans le nuage, du point de densité maximale.
______________
Import de données extraites d’un tableur
Pré-requis :
On dispose par exemple d’une table de données de mesure (cf xls ) par ex
|
|
22,63 |
19,86 |
23,71 |
20,63 |
22,53 |
22 |
21,9 |
7,15 |
|
10,76 |
10,11 |
10,56 |
11,57 |
10,27 |
9,95 |
10,35 |
9,23 |
4,14 |
a) On souhaite traiter avec Mycostats ces
mesures présentées en lignes.
Ouvrir Mycostats
Dans le tableur copier les lignes de mesures souhaitées ( de 1 à
6 lignes ou colonnes de 255 mesures maximum)
Dans Mycostats, presser le bouton «table(V) =>
grille » ou «table(H) => grille »..
Les mesures peuvent alors être traitées avec Mycostats.
b) Poursuite possible de la mesure de l’ensemble importé
(déconseillé, ‘experts seulement ‘)
Dans le menu principal de Mycomètre, choisir
une fonction qui demande le même nombre de mesures que les mesures
importées :
1 : segment
2 : spores 2D
3 : cystides 3
4 : cystides 4
5 : cystides 5
Ouvrir Mycostats et importer les lignes de mesures
désirées (voir ci-dessus)
Fermer la fenêtre Mycostats
On peut alors charger des images et poursuivre les mesures. Les calculs
statistiques prendront en compte les anciennes mesures et les mesures
ajoutées. L’export de trame est possible, mais ne sera pas correct
(des informations relatives aux valeurs importées sont manquantes)
_______
Import de données de Mycomètre
2.xx sauvées au format CSV
En principe, il est souhaitable de garder une trace de la trame des
différentes séries mesures, car ce fichier contient toutes les
information nécessaires pour reprendre l’étude, ce
qui n’est pas le cas du fichier CSV prévu seulement pour
l’édition..
Il a été ajouté un fonction ‘de
dépannage’ permettant d’importer directement les dimensions
calculées dans la grille de mesure : ceci permet de reprendre
facilement le traitement statistique via Mycostats.
Dans le menu principal de Mycomètre faire
« edition/ fich.CSV=> mes.»
Les données essentielles du fichier CSV sont importées dans
la grille.
On peut alors lancer Mycostats et effectuer toutes
les opérations statistiques habituelles.
Attention : compte tenu des informations réduites du fichier CSV,
il n’est pas conseillé de poursuivre ces mesures ( bien que cette
possibilité ait été laissée, voir le 1,b
ci-dessus). Le fichier TRM a été conçu à cette fin.
De même s’il est possible d’extraire des sous-ensembles de
lignes, calculer et visualiser leurs paramètres statistiques, il
n’est pas possible de sauvegarder corrrectement
le fichier trame de l’extrait. Il contient seulement les
numéros de lignes extraites (liste récupérable sous notepad et il est toujours possible d’effacer
dans la grille certaines données à éliminer ). Faire
plutôt ‘outil/ export CSV extrait’
Des fonctions complémentaires sont prévues et seront
ajoutées ultérieurement selon les besoins.
_____________
21 février 2010
* comptage de bosses : couleur différente pour les bosse
internes et externes
* la case ‘ machine ‘ est supprimée de la page
principale : l’option est accessible dans ‘options/machine
rapide’
* l’indexation des éléments mesurés est
désormais inscrite au début de chaque segment
* interface de mesure de lignes polygonales
Cette option (qui existait sur ma version personnelle 1.05) a été
ajoutée en priorité à la demande de G. Consiglio.
Elle permet d’approcher les mesures d’éléments non
linéaires (cystides, hyphes, spores allatoïdes etc …) par
une suite de mesures de segments consécutifs.
Elle s’applique à toutes les fonctions de mesure de distance. Elle
est compatible aves les modes « bipoint et
« palmer » ( en fait seule la mesure
principale – 1ère colonne de la grille- est concernée)
Mode opératoire :
Cocher l’option ’Poly’ ( au dessus des options
palmer/bipoint)
Clic gauche sur le premier point ( double clic ou tiré-laché au choix) , puis clic gauche pour
tracer les segments consécutifs.
Clic droit pour
terminer le dernier segment et valider la mesure.
Le nombre de segments est illimité.
La longueur totale s’affiche en permanence pendant la mesure
Annulation de la mesure : clic droit et presser
« <= »
Pour les mesures autres que « mesure segment » seule la première colonne est concernée. On effectue les autres mesures comme d’habitude.
On peut passer à tout instant du mode ‘Poly’ au
mode simple en mélangeant les types de pointages.
Décocher la case Poly pour terminer.
Affichage à l’écran : le tracé polygonal
reste tracé tant que l’on ne modifie ni le zoom, ni la
position.
Ensuite, afin d’alléger les traces, restent tracés : le point d’origine du polygone ( par ex la base de la cystide) et un segment partant de la base vers l’extrémité de la cystide, de longueur égale à la somme des longueurs de segments juxtaposés.
Outre les mesures d'hyphes et autres éléments courbes vous pouvez mesurer par exemple un périmètre quelconque.
Précision de la mesure
Le nombre de segments du polygone d'approximation est infini, en
théorie. Vous n'êtes limité que par la résolution de
votre écran (on ne peut pas cliquer entre deux pixels !). L'erreur sur
la mesure de l'élément courbe peut donc être tout à
fait négligeable : il suffit de prendre un nombre suffisant de segments
_______________
juin 2011-06-27
Calcul de "l'Indice de forme" d'une spore ou autre
Mesure d’angles et de surfaces
Affichage du type de spores leiosporée
Affichage en bleu de la spore la plus proche de moy
ou mediane
Stockage des paramètres essentiels dans une base de donnée
.mstat
Format csv éditable en texte ou excel
Possibilité d’ajouter des données externes
Recherche statistique automatique dans cette base des espèces
dont les paramètres seraient compatibles avec l’espèce en
cours de mesure Affichage des données Exif
Possibilité de documentation dans une langue
supplémentaire (prévu pour pour les
documentations encore indisponibles, russe, ukrainien, basque ...)
Illustration (en vue de publication ou autre)
Affichage amélioré des commentaires sur l'écran
(choix police, couleur, taille, sens etc ..)
Marquage du calibrage sur une copie de l'images source sans perte de
qualité.
Ajouter des segments de référence orientés en tous sens
(horizontal, vertical)
Option du marquage des mesures (par numéro ou affichage de la longueur)
: option à valider
Barre de référence orientée
Tracé d’une barre de référence oblique .
Menu outils/illustrer/référence orientée
Cliquer le bouton droit sur point d’insertion et tirer dans la direction
souhaitée sans relâcher.
Au relâchement le menu s'ouvre comme pour la barre horizontale.
Barre de référence verticale :
Menu outils/illustrer/référence orientée
Cliquer le bouton droit sur point d’insertion et relâcher
aussitôt
Insertion automatique du symbole « µ » :
cliquer sur le bouton « µ »
Fonctions statistiques complémentaires (module Mycostat)
Droites de régression
Amélioration de l'affichage des histogrammes - Classes
Extraction de données du nuage de ponits ,
export des trames
Test de Möls
Test de Shapiro-Vilk
( documentations en cours de rédaction)
![[]](http://m3.moostik.net/img/?pseudo=jofan&cpt=doc_complement_Mycm&police=dooblem2&option=link&lng=fr&width=6){kind=small}